U pogledu zaštite voda treba postići i održavati dobro stanje površinskih i podzemnih voda radi zaštite akvatične flore i faune i potreba korisnika voda tako da je neophodno nastaviti s izradom planova upravljanja vodama za vodna područja rijeke Save i Jadranskog mora. U cilju smanjenja rizika pri ekstremnim hidrološkim pojavama neophodno je provesti mjere za povećanje stepena zaštite od poplava, izraditi mape opasnosti i mape rizika od poplava i donijeti planove upravljanja poplavnim rizikom, provesti mjere za smanjenje erozije, uspostaviti programe i mjere prilagođavanja klimatskim promjenama i za borbu protiv suša. Nužno je jačanje kontrole ispuštanja otpadnih voda u vodotoke i provoditi aktivnosti na smanjenju tereta zagađenja od urbanih/sanitarnih otpadnih voda, te smanjenju emisije štetnih i toksičnih materija koje stvaraju pojedini industrijski zagađivači. Također, nužno je uspostaviti katastar malih hidroelektrana, energana i malih postrojenja s određenim podacima (snagom, vodozahvatom itd.), te osigurati da svi korisnici voda za tehnološke potrebe i proizvodnju energije moraju imati ugovor o koncesiji i plaćati odgovarajuću naknadu za korištenje vodnih resursa.

Sve aktivnosti ruralnog razvoja, ne smiju dovoditi do pogoršanja stanja kvantiteta i kvaliteta voda. Investiranja u objekte i opremu trebaju doprinijeti ispunjavanju zahtijeva Okvirne direktive o vodama EU i svih njenih ˝kćerki direktiva˝ (npr. nitratne direktive), odnosno smanjenju zagađenja voda. Ove aktivnosti se, prije svega, odnose na izgradnju privatnih i javnih sistema navodnjavanja za potrebe poljoprivrede i proizvodnje hrane, ali i razvoj infrastrukture za vodosnabdjevanje i kanalizacije u ruralnim područjima, radi poboljšanja životnih uvjeta stanovništva i nivoa usluga u turizmu.

Istovremeno, aktivnosti fokusirane na opće usluge će omogućiti dalju edukaciju kako savjetodavaca, tako i proizvođača, u smislu zaštite kvaliteta vode, odnosno korištenja praksi i tehnologija koje u najmanjoj mogućoj mjeri imaju negativan uticaj na kvalitet podzemnih voda, kao i kreiranje tipskih rješenja vezanih za ispunjavanje zahtjeva direktiva EU (upravljanje stajskim gnojivom i sl.). Na kraju, potrebno je osigurati proaktivnu ulogu FMPVŠ usmjerenu k ostalim nadležnim ministarstvima i institucijama, ali i zainteresiranim donatorima i internacionalnim programima pomoći (posebno onim od EU, FAO, SB, IFAD i sl.) radi osiguranja dodatnih sredstava za projekte integralnog upravljanja vodama i ispunjenje preuzetih obaveza u toj oblasti. Kroz te projekte treba postići održivo korištenje i zaštitu vodnih resursa za potrebe javnog vodosnabdijevanja stanovništva  i sve druge namjene i djelatnosti u skladu sa sektorskim planskim dokumentima, planovima aproksimacije sa EU legislativom u oblasti voda i planovima općeg ekonomskog i društvenog razvoja FBiH.