Izgradnja sistema prevencije korupcije podrazumijeva zakonodavnu uspostavu profesionalnog tijela za procjenu rizika od korupcije, s ciljem pravovremene koordinacije borbe protiv korupcije i sistemskog razvoja prevencije korupcije. Koordinaciju je potrebno ojačati uspostavom sistema permanentnih kontakt tačaka u institucijama s javnim ovlaštenjima u FBiH za borbu protiv korupcije, strukturiranih mehanizama saradnje i koordinacije, te uspostavom direktnih kanala komunikacije s ciljem razmjene informacija i uzajamnog izvještavanja između FBiH, kantona, lokalnih organa uprave, organizacija civilnog društva, privatnog sektora, akademske zajednice i medija. Također, FBiH treba osigurati koordinaciju i dati puni doprinos saradnji organa za prevenciju korupcije i Agencije za prevenciju koorupcije i koordinaciju borbe protiv korupcije.

Normativni okvir je potrebno unaprijediti donošenjem normativnih akata usklađenih sa zakonodavstom EU iz oblasti zaštite uzbunjivača, sukoba interesa, lobiranja, te jačanja proaktivnog principa pružanja informacija od strane građana. Važna karika u lancu sistema borbe protiv korupcije i organizovanog kriminala je oduzimanje imovinske koristi stečene krivičnim djelom, i nakon toga upravljanje privremeno i trajno oduzetom imovinom. U tom smislu neophodno je jačati instituciju koja je u FBiH nadležna za ovu oblast, ali jačati i postojeći pravni okvir kroz izmjene i dopune postojećeg zakonodavstva, koje će biti usklađeno sa propisima EU, te pozitivnim praksama drugih država.

U okviru procesa digitalizacije javne uprave i javnog sektora, potrebno je razvijati mehanizme i instrumente suprotstavljanja korupciji kroz uspostavu elektronskog registra rizika od korupcije i IT alata za procjenu rizika od korupcije u zakonodavstvu. Na kraju, sistem treninga, edukacije i podizanja svijesti javnosti (posebno marginaliziranih grupa) o njihovim pravima, kao i o borbi protiv korupcije treba biti usaglašen i prilagođen dinamičkom planu aktivnosti koji će se revidirati na godišnjoj osnovi.